microRNA学习笔记(四)——microRNA新基因的预测、克隆鉴定及注册

发现新的microRNA分子目前的策略可概括为小分子RNA富集纯化、末端修饰及连接已知序列、克隆、测序,并通过分子生物学相关方法确认。

microRNA新基因的预测及注册程序

研究者根据microRNA的两个特点进行预测和验证:

  • 物种间高度的序列保守性
  • microRNA前体呈茎-环结构

microRNA生物信息学预测基本原理:

  • 利用已知microRNA前体序列对目标物种的全基因组正反链序列进行同源性扫描
  • 获得大量同源性由高到低的候选基因序列
  • 筛选这些基因序列(通过各种RNA二级结构分析及预测软件结合动力学分析)

目前研究者多使用如下软件和网络资源对候选microRNA基因序列进行二级结构分析和新序列筛选:

MiRscan

MiRscan以已被实验验证的50对线虫pre-microRNA茎-环结构序列数据库为基础,对microRNA序列对进行二级结构分析,并通过评分来判断其为新microRNA的可能性大小。

MiRscan是较简单的RNA二级结构预测程序,应用范围有一定局限性:只能分析与50对线虫pre-microRNA茎-环结构同源的序列。

RNAfold

RNAfold是RNA研究领域最常用的二级结构分析程序,其序列提交长度可达7000bp,还可设置相关动力学系数。

其他microRNA二级结构预测网络资源

新microRNA的注册

主要在“microRNA Base”网站进行注册。

microRNA新基因的克隆及鉴定方法

Zhao Li /
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